Una de las diferencias más grandes con el anime es que en este (el anime) nosotros conocemos a un Train borrador, al Black Cat antes de ser transformado por Saya. En cambio en el manga Train ya es compañero de Sven y la muerte de Saya ya ha pasado hace dos años aproximadamente.
Los Chrono Numbers: En el manga los chrono numbers tienen mucha más acción además de que son considerablemente bastante fuertes. En el anime no se puede profundizar mucho en algunos numbers que el manga pone más atención como IV y VIII.
Nº IV: Es un sujeto extremadamente violento y actúa por su propia cuenta al igual que número VIII. Al 
igual que su compañero Baldor, cree que peleando es la única manera de afirmar su existencia. El perdió su vista en una pelea muchos años atrás y ahora pelea con la ayuda de un sensor. Su arma se llama mars (un cuchillo) que posee un interruptor que al ser apretado hace vibrar el arma.
Nº VIII: Baldor es un sujeto extremadamente violento y actúa por su propia cuenta al igual que número IV. Su arma es una especie de maza con propulsores que sabe usar muy bien. El nombre de dicha arma es Heimdall.
Sonre NºX: Train no se da cuenta que se disfraza de barredor como en el anime.
La aparición de Tearju Lunatique, la científica creadora de Eve es mucho antes de la pelea contra los apóstoles de las estrellas y, bueno, vale decir que todo lo que pasa en el anime después de la derrota de Creed es algo que no pasó en el manga. Tearju no se había borrado la memoria, como en el anime, simplemente se había alejado de la ciudad.
La pistola de Train, es cierto que la forma de su pistola Hades es la misma, pero en el manga, su pistola logra tener la capacidad de disparar a una velocidad mucho mayor a la normal y recibe el nombre de railgun (un tipo de arma). Train usa la railgun para vencer a creed pero su pistola, Hades, se destruye y ahora usa un revolver normal; claro que Sven logra repara a Hades y se la devuelve a Train. Esta vez, nos enteramos que Train ya no puede usar la railgun.
Un grupo de apóstoles llamados “La brigada estrella fantasma” aparecen casi al final para evitar que los chrono numbers interfieran entre la pelea de Train contra Creed. A pesar de parecer bastante fuertes, son derrotados por sus adversarios.
El apostol conocido como Doctor tiene una participación más activa en el manga e incluso se enfrenta contra Eve y Train.
Shiki es una chica en vez de ser chico, aunque su apariencia es casi la misma.
La historia de Leon es completamente diferente de la del anime.
La alianza de barredores en el anime es de bastante ayuda y casi ninguno pierde la vida mientras que en el manga, dos son aniquilados rápidamente y a excepción de River, los otros barredores no ayudan mucho..
Preta Goul nunca conoció a Saya (a diferencia del anime) y por ello no está obsesionado con ella. Tiene el poder tao de hacer que las cosas se pudran o derritan. Es derrotado no por Sven, sino por River.
River: Creo que este personaje es más activo en el manga (aunque este es considerablemente más largo). Una diferencia es que su personaje es rubio y en el anime no. También se le ve bastante fuerte, incluso logra a derrotar a Preta Goul y ayuda a la derrota de Shiki.
Sven hace un entrenamiento para lograr dominar su ojo visionario y lo convierte en el “Glasper eye”. Este ojo le permite ver los objetos en cámara lenta y así los puede esquivar. Aunque no se enfrenta a Creed en la batalla final, Sven sabía que no estaba a la altura del ex-chrono number debido a que ya habían tenido un enfrentamiento previo en el cual salió muy lastimado a pesar de usar su ojo visionario.
Eve se vuelve muy competente en la lucha y algo que no es tan notorio en el anime es que ella tiene un a fuerte rivalidad con Train porque ella quiere ser la única compañera de Sven.
Vuelvo a repetir, todo lo que pasa en el anime después de la derrota de Creed es una especie de relleno. Al finalizar el manga, hay una nota del autor que dice que podría haber una secuela de Black cat ya que él cree esta ha sido solo la primera parte.
